Hiện nay, chùa còn lưu giữ được một số tượng Phật cổ và 14 tháp mộ cổ từ thời Trần, Hậu Lê, Nguyễn. Trong đó có bốn pho tượng bằng đồng đặc sắc về cả thủ pháp nghệ thuật và kỹ thuật đúc đồng: tượng đức Phật Thích Ca cao 2,10 m; tượng A-nan và Ca-diếp cao 1,86 m (2 người trong số Thập đại đệ tử nổi tiếng của đức Phật); tượng Hoàng hậu Maya cao 1,58 m (mẹ của đức Phật). Các pho tượng đều được đúc đồng tại địa phương, mang thần thái rất ung dung tự tại, khiến cho mọi du khách đều cảm thấy nhẹ nhàng, thanh thản mỗi khi thăm viếng cảnh chùa.[7][11]

Ngoài ra, một số cặp câu đối còn lưu giữ tại chùa có thể phản ánh tâm thức Phật giáo của người dân vùng Bắc Ninh và phần nào hiểu được hành trình lịch sử mà chùa đã trải qua. Có thể kể đến một số cặp sau:

• Ở nhà tiền đường, trên hai cột xây gạch:[12]

保嶺奇觀龍鳳龜麟鍾秀氣
含談曆史東西南北說名藍

Phiên âm:

Bảo lĩnh kỳ quan long, phượng, quy, lân chung tú khí.
Hàm đàm lịch sử đông, tây, nam, bắc thuyết danh lam.

Tạm dịch:

Núi quý kỳ quan Long, Phượng, Quy, Lân làm nên tú khí.
Bàn trong lịch sử Đông, Tây, Nam, Bắc nổi tiếng danh lam.

• Tại hai cột đồng trụ phía trước Ly trần viện:

阮國师修真伊然佛迹
鄭覺祖救劫自在神孚

Phiên âm:

Nguyễn Quốc sư tu chân y nhiên Phật Tích.
Trịnh Giác tổ cứu kiếp tự tại Thần Phù.

Tạm dịch:

Nguyễn Minh Không Quốc sư tu hành vẫn còn dấu xưa trên chùa Phật Tích.
Trịnh Hòa thượng Giác tổ cứu đời còn lưu bóng dáng cửa Thần Phù.

• Tại Hậu cung của Ly trần viện:

始開山於龍頷柱持鍾遇孔路國师之心法界當春而神接並域
初化盈於蓮派之禪中受戒珠安子之宗封繼措下於佛迹名篮
(男子冬; 孝靈九年造, 本邑茂材撰)

Phiên âm:

Thủy khai sơn ư Long Hạm trụ trì chung ngộ Khổng Lộ quốc sư chi tâm pháp giới đương xuân nhi thần tiếp tịnh vực.
Sơ hóa doanh ư Liên Phái chi thiền trung thụ giới, Châu An Tử chi tông phong kế thố ư Phật Tích danh lam.
(Giáp Tý đông, Hiếu Linh cửu niên tạo; bản ấp Mậu Tài soạn).